チーズを武器にしてしまうというアイデアはとてもいいと思います。
個人的に工夫をこらしたバトル物は好物ですので、その部分は取りやめるよりはむしろ活かす方向で考えたいところです。そうなると読者を納得させてしまえる設定が欲しいですね。
実在科学でチーズを爆発物（武器）にする方法を見つけて採用するか、それともファンタジー世界ならではの方法を採用するか。
前者でちょうど良いものがあるなら問題ありませんが、後者だと冒頭で使用するとご都合主義で安っぽくなることもあるので要注意。最も、安易に見せておいて実は布石で、終盤に回収するなんて手も使えます。
多少苦しくなろうが、面白くなりさえすれば正義です。やりようはあると思います。

現状すぐに思いつくのはこのぐらいです。