＞３つ目がエテルネルにとっては重要で
つまりはソコだね。
３つの約束が「ループのルール」じゃなくて「登場人物の心理を引き立てるもの」として設定されてる。だから基本的にはループには関係なくて、無くてもループ自体は破綻しない。一方で無いとキャラクターの心情やバックグラウンドを語る上では困るかな、という感じ。
もちろん、これは良し悪しの話じゃなくて、「ループの話にはなってないよ（見えないよ）」と私が感じた説明をしてるだけなので、ループを物語の添え物として、舞台装置として扱うことが問題ないと割り切れるなら何も問題なく、むしろ良いのではないかなと思います。

あと、これは余計な事かもしれないけど、
＞最後の部分は、きちんと小説にしたときには、全体的に伏線を描いて、
たぶん、この最後の部分が一番書きたい部分でネタの中心、発想の起点になってるんじゃないかなーと感じる。
というのも、最後の「エピローグで書く予定」の文章量があらすじ全体の半分か三分の一ほどで明らかに多い。
本編をループとすると、そのループがダイジェスト気味になってる割にエピローグがしっかり書かれてる。てことはコレを書きたいがための下地が本編だな、と感じた。
ヒロインしか知らない情報を本編でどうやって出すか、またネタバレしてしまう事がないようどう演出していくかってのは非常に難しいと思うけど、
もし、「エピローグの部分が書きたい内容」と感じられてるのだとしたら、それは伏線とかじゃなくしっかり本編で書いていくべきだ、と思います。
私の勝手な憶測が大間違いの可能性も高いですし、そもそも作者の設計がありますから、本当にこれは余計な事ですが。

＞例えばどのようなことが突出したものなのでしょうか。
一言で「この作品はコレが面白い」と言えるモノがあるかどうか。
最近の新人賞作品にはあんま触れてないから誰でも知ってる例を思いつかんのだけど、例えば、うーん、抽象的で理解が難しい例かもしれないけど、例えば「ドラえもん」と聞いたらそのストーリーよりも「不思議道具を出すマスコット的なロボット」というイメージが先に思いつくでしょ。
いやこれはタイトルがキャラ名だからあんま良い例ではないか。
でも、ドラえもんはまさに「ドラえもんがひみつ道具を出す事」が一番おもしろいところで、突出してるよね。

だから、そうだな、あえて作者さんがやりたい方向性とは違う例でもって御作に例えるけど、
私なら、時の精霊が出す「３つの約束」は「時を遡ってることは誰にも悟られてはならない」「死ぬ予定の人間を助けてはならない」「自ら命を絶ってはならない」とかにするかな。
これでどう変わるのかというと、まず２個目の約束が主人公の目的と矛盾するので、「おい、どうすんだ？」となるでしょ。そして即興だから全体的に軽めだけど、３つとも通して「これでどうやってループを終えるのか」っていう制限がかかることになる。
この場合、特に３つ目は「ピンチになったら主人公は自分でリセットする」ってループものによくある強硬手段を禁止にしてるから、つまり、読者がイメージしてる予想が通用しないことを意味するから、割と惹き付けられるところがあると思う。
ほんで、こうすると、あくまで物語ないし主人公の目的は「ヒロインを助ける」ってことなんだけど、物語の面白味として「制限された状況下で如何にループから脱するか」というような、「ループものに面白い制限をつけた」って面白味が生まれてくるわけだね。
すると、ループものって、だいたいは主人公が行動して失敗したりしてループの仕組みを理解していくのが王道だけど、御作の場合は最初からルールを提示されてそれを利用しながら目的を達成する、という別の楽しみを見いだせるから、このあたりで「よくあるループものだけど、突出した面白さがある」という感じになるかなーと思う。

別に自分の案を推すわけでもないし「こっちのほうがいいでしょ」的な感じで嫌らしいけど、
こんな感じで「３つの約束」を設定すると、「ループの穴（約束を逆に利用）してループを抜け出す（ヒロインを助ける）のが面白い」っていう、押し出したい面白味を明確に出来て強く推して行けるよね。
とまあ、こんな感じ。
繰り返し、これは即興だし、物語のあらすじを読んだだけの第三者の戯言だから、あくまで例ね。
「突出したもの」を説明するために、あえて違う方向性で答えてみたものだから、何が「突出したもの」かを理解してくれれば、あとは忘れてくれて良いものです。
まずは「何が面白味か」を明確に出来ること。更に先を行けば「それに独自性があり差別化できること」となると思います。