どなたも回答されていないようですので、僭越ながら思ったことを書いていきます。

私のことは『場の賑やかし』程度に思ってください。合わないところは流していただければ幸いです。また、他の方の意見と分かれた際は、そちらの方の意見を参考にられることをお勧め致します。

ちなみに、他掲示板の最新のプロローグは拝読済みです。

さて、作者コメの疑問にお答えする前に確認したいことがあります。
①尺はどれ程のものを想定されているのか？
②対象読者層は考えているのか？

①について。
短編の間で収まる尺であるのなら、多少の謎は『読み切りという形でゴリ押す』ことが出来そうです。
長編で書くなら、それ相応の説明が要ります。また、現状のプロットの展開だけでは弱いように思います。
(といっても、書き方次第でどうにでもできると言えば、出来ると思いますが)

②について。
どこまでの読者を受け入れて、どこからを切り捨てるのかという話です。
御作はSFなわけですから、世界観の説明はいわば醍醐味とも言えましょう。ですがラノベを欲する人の多くは、世界観よりもキャラやストーリーの方に興味があると思います。
SFをがっつり書くのか、逆にキャラやストーリーを重視して書くのか。あるいはその中間を目指すか。

小説を書く上で骨組み(プロット)作りは重要ですが、それ以外の外堀(①と②)について考えてみるのも良いかもしれません。

作者コメに回答するにあたり、勝手ながら『①長編②中間』という設定で書いていきますね。

あらすじを読んでまず思ったのが、時代背景・文明レベルがよく分かりませんでした。ファンタジーの世界、でしょうか。レーヴがある時点で、現代社会よりかは発展していそうです。
装甲車を生成するという表現はかなり謎でした。もしかしてですが、主人公たちは常にレーヴの中にいて、物語もレーヴの中で進行していくのでしょうか？
新プロローグでは、突然少女の姿がかき消えて面食らいました。

時間が無いのに少女が我儘を言うのはどうかと思いますし、一流らしい主人公がその我儘を受け入れるのも不自然・不真面目に感じます。

新プロローグの方では(行き来してすみません！)、「クソガキにはお仕置きが必要だよな？」と言って消えた少女を追う感じになってますが、理由がこれですと動機として納得がいきません。
新プロローグでは書かれていませんでした『〜技術者として開発部に戻る道を報酬として示される。』は、あった方が良いように思います。

レーヴについても謎が多いです。主人公の生い立ちからしても、作中で詳しく説明する必要が出てきそうです。この辺り、設定を用意してあるのなら問題は無いと思います。

『①について』で触れましたが、これだけでは展開が弱い・少ないように思います。
物語の半分はロードムービーとありますが、それが吉と出るか凶と出るか……分かりませんが、私は危惧しております。
気になる問題点を挙げます。
SFというジャンル上説明が複雑になりがち、主人公のキャラが立っていない(回想まで。回想でどこまで立てられるか……。にしても遅い気がします)、物語中盤を超えてからアリスの真実を知っても驚くほどの衝撃にはなりにくそう。チャプター1か2あたりの早い段階で明かしても良さそうに思う。(これも道中の描き方次第な所はあると思いますが)。
世界観の説明と回想パート(エルとクラウの関係についても触れる必要がありそうですし)で、展開が間延びしないかが心配です。

ここまで書いておいてひっくり返すようなことをするのは申し訳ないのですが、一つ提案があります。
それは、あらすじを全てバックボーンとして使い、『三人は新たなチームを結成し、陰謀に立ち向かい〈アリス〉たちを救う旅に出る。』ここから物語を出発させる。
主人公たちの仕事ぶり・チームワークの良さの理由を知ろうとする新キャラを追加する。(理由は主人公に一目惚れしたとか、適当)。少しずつ過去を知りながら、今目の前の問題を解決していく……的な感じで物語を進めていく。

まあ受け入れ難いこと言ってるなあ、と自分でも思っております(汗)。何かの参考になれれば幸いです。
新作、応援しております！
(抜けがありましたら、ごめんなさい！)。