うーん。まず、書きたいのはどちらでしょう？
少年(途中で成長して青年になるようですが)が少女を助けるために頑張る話？
それとも、100年後に目覚めた少女が看護師する話？
あらすじやキャラ読むと前者なんだけど、設定読むと後者なんですよね。後者だと理想社会が実現されてしまってるので「世界の諸問題を取り上げた作品にしたい」という作者コメントとズレる気もしますし。

どちらにしても、『諸問題』で済まさずに「どの問題をどう取り上げるのか」の具体化を進めていくと、自然とストーリーが決まってくるかと思います。