冒頭でパンクを届けるって約束して、それを達成するまでの話ということは分かりました。

あと、読み落としだったら申し訳ないんですけど、あらすじで分からなかったことがあったので、質問です。

カーバンクルのパンクって何者だったんですか？
敵のハンドラーの狙いは？
主人公の設定である〈月の狼〉の生き残りであることが、後半でどのくらい関わってくるのか、あらすじから分かりにくかったです。冒頭でパンクを届ける理由にはなっているのは分かったんですけど。

あと、現状で気になったところは、
・ヒロインの登場が遅いことと、ヒロインの再登場も遅い気がします。
・カーバンクルが宿から逃げ出した理由があらすじから分からず、ヒロインと出会うためのご都合的な展開になっているように感じます。
・捕まったところで兵に助けられたのもどうしてでしょうか。人体実験をするような雇い主なら、ばれたらひどい目に遭いそうなので、兵が主人公を助ける理由があらすじから分からず気になりました。
・魔術学校に入学するのは、〈天衝塔〉に入るためですよね？　わざわざ入学しなくてはならない理由があらすじから分かりませんでした。清掃員とか、雇われて学校の敷地内に入る方法は不可能だったんでしょうか。

あと、ご質問の件ですが、なるべくなら学園ものなら学園もので統一したほうが、御作の特徴が「学園もの！」ってアピールしやすくなると思いました。
現状では、旅と学園の両方の要素に分かれるので、どちらも中途半端になる恐れがあります。
ちなみに、入学に至る前の経緯は、説明で済ませても大丈夫だと思いますよ。
「魔術学校にある〈天衝塔〉にこいつを届けなくちゃいけないんだ。死んだ同胞との約束だ！」みたいな感じで。

自分のことを棚に上げて色々と気になる点を書いて申し訳ないです。
なにか参考になれば幸いです。