あまり入れ替わりものを読まないので、参考にはならないかも知れませんが…

良明とカイトの、それぞれが解決する問題を、どう区別化するか考えてみてはどうでしょう。

良明は普通の高校生なので、人間的な成長やゲーム世界のキャラ達と衝突で、色々と展開を作りやすそうだなと思います。
反対にカイトの方は、真面目で正義感が強いとあるので、人格者っぽいです。しかも文武両道で実力もある。良明とは違い、すでに完成されたキャラです。
なので、良明と同じ課題を与える訳にはいきません。

ならば、どういう問題をカイトに解決させるかを考えてみてはどうでしょう。

あとストーリー的にも、二人の視点それぞれに違いを作った方がいいと思います。
良明ストーリーでは戦闘メイン、カイトでは謎解きメインみたいな。

同じことを二人にさせては、せっかくのダブル主人公設定が活かしきれないので。
それぞれ別の角度から、物語の真相に近付けてみてはいかがでしょう。