ハムスターは基本的に狭いところが大好きです。
多くのハムスターケージは、二階が狭いですよね。
おそらく二階の方が狭くて落ち着くのではないでしょうか？

自然界では食べられる立場にある弱い動物であるハムスターは、見通しの良い広い場所に恐怖を感じます。
逆に狭い場所は、敵から身を隠しやすいので本能的に落ち着くようです。

ハムスターは、お気に入りの場所を作ってそこで過ごします。
ほとんど感覚で選んでいると思いますが、例えば、トイレや砂場をお気に入りの場所にすることが多いですね。自分の匂いが染み付いているし、狭いから選ぶのだと思います。

お気に入りの場所は変わることもあり、別の場所を巣とすることもあります。

二階があるタイプのハムスターケージは落下の危険があるので、あまり良くないと言われています。
二階から落下しないような対策がされているケージなら良いのですが、そうでないなら、二階は撤去したほうが安全です。