うんちは固くてコロコロしていますか？
そうであれば、衛生面はそこまで気にしなくて大丈夫だと思います。
走りながらうんこしたり、食用として巣箱の中に貯めたりもするので…
おしっこであれば衛生面を考えたほうが良いですが、うんこの場合はどこでもするのでしつけるのは難しいと思います。
うんこがやわらかい場合はこの限りではありません。