はじめまして。
私が土飼育はしたことがないのですが、飼育書によると衛生管理が難しいとのことでした。
土は放置しておくと、虫が湧いたりします。

例えば、家庭菜園を放置しておくと、虫が湧いて大変なことになったりしますが、これと同じです。

ただ、ハムスターの本能である土を掘りたい！が満たせるので、ハムスターにとっては嬉しいと思います。
また、定期的に土の入れ替えができるのであれば、問題にはならないと思います。